Com o passar do tempo percebeu-se que Dolly apresentava as extremidades dos cromossomos diminuídas, o que gerava envelhecimento celular precoce. Devido ao envelhecimento, Dolly sofria de artrite no quadril e joelho da pata traseira esquerda. Sugere-se que isto ocorreu devido ao facto de ela ter sido criada a partir de uma célula adulta de seis anos (idade da ovelha dadora do núcleo), e não de um embrião.
Dolly foi sacrificada aos 6 anos de idade, depois de uma vida marcada por envelhecimento precoce e doenças. Nos seus últimos dias, Dolly estava com uma doença degenerativa e incurável nos pulmões. Os problemas de saúde de Dolly levantam dúvidas sobre a possibilidade da prática de copiar a vida.
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